I det ekologiska lantbruket används kemiska bekämpningsmedel (växtskyddsmedel) i mycket liten omfattning och oftast inte alls. Kemiska medel mot ogräs är inte tillåtna i några grödor och den genomsnittliga användningen är mycket begränsad i jämförelse med konventionell produktion, såväl globalt som i Sverige. De flesta av det fåtal kemiska bekämpningsmedel som är tillåtna i ekologisk produktion, såsom såpa och livsmedelstillsatsen kaliumbikarbonat, är varken hälso- eller miljöfarliga.
I all ekologisk produktion är olika förebyggande odlingsmetoder som försvårar för växtsjukdomar, skadeinsekter och ogräs det främsta verktyget. Därutöver används biologisk bekämpning och till sist ett fåtal kemiska medel i vissa trädgårdsgrödor.
Även i konventionell produktion är förebyggande odlingsmetoder viktiga för att minska behovet av kemisk bekämpning och intresset för användning av icke-kemiska alternativ ökar, varav flera har utvecklats inom den ekologiska produktionen.