I det ekologiska lantbruket används kemiska bekämpningsmedel (växtskyddsmedel) i mycket liten omfattning och i Sverige oftast inte alls. Kemiska bekämpningsmedel mot ogräs är inte tillåtna i några grödor och den genomsnittliga användningen är mycket begränsad i jämförelse med konventionell produktion. De flesta av det fåtal kemiska bekämpningsmedel som är tillåtna i ekologisk produktion, såsom såpa, vegetabiliska oljor och livsmedelstillsatsen kaliumbikarbonat, är varken hälso- eller miljöfarliga.
I all ekologisk produktion är olika förebyggande odlingsmetoder som försvårar för växtsjukdomar, skadeinsekter och ogräs det främsta verktyget. Därutöver används biologisk bekämpning och till sist ett fåtal kemiska bekämpningsmedel i vissa trädgårdsgrödor.