Spelar det någon roll för hälsan om man äter ekologiskt? Det finns en handfull stora studier där hälsoeffekter av att äta ekologisk mat studerats genom att under lång tid följa konsumenter som föredrar antingen ekologisk eller konventionell mat. Dessa pekar på vissa positiva hälsoeffekter, men slutsatserna är än så länge osäkra. Andra aspekter av kosten spelar större roll.
Ekologiskt producerad mat har betydligt lägre halter av bekämpningsmedelsrester än konventionellt producerad mat. Studier bland befolkningen pekar på negativa effekter av vissa bekämpningsmedel på bland annat utvecklingen av nervsystemet hos barn, trots att medlen genomgår omfattande säkerhetstester innan de godkänns. För de som arbetar i odlingar i utvecklingsländer, där reglerna kring kemikalier ofta är svaga, finns större hälsorisker. Det finns dock ganska få betydelsefulla skillnader vad gäller innehåll av näringsämnen i ekologiskt producerad mat jämfört med konventionellt producerad.
Internationellt är antibiotikaanvändningen kraftigt begränsad i ekologisk jämfört med konventionell djurhållning. Det medför lägre förekomst av antibiotikaresistenta bakterier på ekologiska gårdar. I Sverige är dock antibiotikaanvändningen låg även i konventionella djurbesättningar.