Växtnäringsförsörjningen i ekologisk produktion baseras främst på lokala resurser såsom biologisk kvävefixering via odling av baljväxter, markens förmåga att leverera växtnäring samt kretslopp inom jordbruket och med samhället. Vanligast är att man gödslar med stallgödsel från de egna djuren eller köper stallgödsel från en närbelägen gård. Man använder också andra organiska restprodukter som gödsel.
All produktion av livsmedel kräver tillförsel av växtnäring. Kväve och fosfor tillförs i störst mängd. Samtidigt är produktionen av mat på jordbruksmark och i stallar öppna mot omgivningen och förluster av näringsämnen oundvikliga. Forskningsstudier på europeisk nivå visar att risken för kväveförluster som bidrar till övergödning av sjöar och kustnära vatten är genomsnittligt mindre från en ekologisk gård än från en konventionell. Det beror framför allt på att det inte tillförs lika mycket kväve i den ekologiska produktionen som i den konventionella. Det är dock stor variation mellan gårdar inom respektive produktionsform.
Stora kväve- och fosforöverskott i gårdsbalanser är en indikator för ökad risk för förluster till omgivningen. Studier har visat att både kväve- och fosforöverskott på ekologiska gårdar med mjölkkor och nötkreatur för köttproduktion är mindre än på motsvarande konventionella gårdar. Förklaringen är att antalet djur per hektar är lägre, det gödslas mindre och i genomsnitt köps det in en mindre mängd foder på de ekologiska gårdarna, vilket minskar risken för förluster av främst kväve till omgivande miljö. Skillnaderna mellan ekologiska och konventionella växtodlingsgårdar vad gäller risk för förluster av växtnäring är generellt mindre och variationen mellan gårdar större.