God djurvälfärd och djurhälsa är viktiga mål inom ekologisk animalieproduktion och man eftersträvar ett starkt djurskydd, i synnerhet som respekterar djurens behov att kunna utföra artspecifika naturliga beteenden. Att djur ska ha möjlighet att leva ett naturligt liv rankas högt i det ekologiska lantbruket och ses som en förutsättning för god djurvälfärd. I dagens ekoproduktion ges djuren också ofta goda förutsättningar att kunna utföra beteenden i enlighet med sina behov. Bland annat erbjuds de utevistelse, grovfoder och större vistelseyta, vilket främjar naturligt utforskande samt födosöks- och ätbeteenden.
Den ekologiska djurhållningen har i många fall hälso- och djurvälfärdsfördelar, men inom vissa områden behövs förbättringar. Till exempel kan ekologiska djur ha ökad risk för vissa parasitsjukdomar som sprids då djuren går på bete. Ekologiska värphöns löper större risk för fjäderhackning och det är högre risk för grisar som går på bete att få benproblem. Viktiga områden för utveckling är, på samma sätt som i konventionell produktion, juverhälsa hos mjölkkor och får samt att öka överlevnaden hos lamm, smågrisar och kycklingar.